אל עונת 2016/17 הגיעה מכבי תל אביב לאחר עונה ללא זכייה באף תואר ועם פרידה מהקפטן ומלך השערים בשלוש העונות הקודמות ערן זהבי. כמו כן נפרדה מכבי מהמאמן פיטר בוס ובמקומו מונה לתפקיד שוטא ארבלדזה. את מוקדמות הליגה האירופית צלחה מכבי והעפילה לשלב הבתים, לא בלי הגעה בדרך לפנדלים מול היידוק ספליט בשלב הפלייאוף. במחזורים הראשונים של הליגה שיחקה מכבי היטב ואף הביסה את הפועל 5:0 בדרבי היסטורי, אך לאחר מספר התוצאות מאכזבות פוטר ארבלדזה ממכבי ובמקומו ירד לקווים המנהל הספורטיבי ג'ורדי קרויף. קרויף אימן 9 משחקים, בשמונה מהם ניצחה מכבי ובזה שנותר סיימה בתיקו, ומכבי שכבר היתה רחוקה 10 נקודות מהפועל באר שבע שהיתה בראש הטבלה צמצמה ל3 בלבד. למרות זאת סרב קרויף להישאר בתפקיד ולעמדת המאמן מונה ליטו וידיגל. בנוסף לקבוצה חזר הקפטן שרן ייני לאחר שנה וחצי בהולנד. תחת וידיגל התרחקה מכבי עוד יותר מהפועל באר שבע אך העפילה לגמר גביע המדינה. גם גמר גביע המדינה היה אכזבה גדולה לאחר שמכבי הפסידה בפנדלים לבני יהודה מתחתית הטבלה. בזירה האירופית היתה מכבי קרובה לסיים במקום השני ולהעפיל לשלב הנוק אאוט כשניצחה את אלקמאר ההולנדית בחוץ ואת דונדלק האירית בבית. אך הפסד ביתי קשה מאוד 4:3 לזניט סנט פיטרבורג לאחר משחק מצוין של מכבי ב75 הדקות הראשונות בסיומן הובילה 3:0 אבל מהפך בזק של זניט בנוסף להחלטת שיפוט שגויה הפך את התוצאה בדקות הסיום. להפסד הזה נוסף הפסד מאכזב 1:0 לדונדלק בחוץ. בסופו של דבר סיימה מכבי במקום השלישי והודחה מהמפעל.