שנות השישים נפתחו בסימן המאבק בין מכבי להפועל פתח תקווה על ההגמוניה בכדורגל הישראלי, כאשר בפעם הראשונה נתקלו הצהובים במכשול ממשי לשליטתם. בעונה הראשונה (1959/60) זינבה מכבי אחר המקום הראשון אותו כבשה במחזור הלפני האחרון, אולם הפסד ביתי להפועל חיפה הוביל לאובדן האליפות. עם סיום הליגה, המריא כוכב הקבוצה, רפי לוי, להמשך הקריירה בדרום אפריקה.
עזיבתו של רפי לוי הייתה אחד מהגורמים שהובילו להדרדרות מקצועית משמעותית בעונות הבאות. תחילה, נקרא ישראל "חלובה" חליבנר לדגל כאשר הקבוצה נקלעה לראשונה למאבקי הירידה. חליבנר הדריך את הקבוצה בהצלחה ואף הוביל את הקבוצה לגמר הגביע, בו הובסה בידי מכבי חיפה. למרות השיפור ביכולת, נקבע שיא שלילי ומאיים בדמות מקום עשירי בליגה. גם העונה הבאה הובילה לרגעי שפל חדשים, בהם הפסד 1:0 להפועל נהריה מהליגה השלישית, הפסד שעלה למכבי בהדחה מהגביע.
התפנית המיוחלת נזרעה עוד במהלך העונה העגומה (1962/63), כאשר ג'רי בית הלוי, המכביסט הבלתי נלאה, נקרא לאימון הקבוצה. ג'רי קידם משורות קבוצת הנוער את גיורא שפיגל, מיקו בלו, צבי רוזן, אורי קדמי ודוד לוי, שזכו לכינוי המחמיא "תינוקות ג'רי", ובמהלך שנות השישים והשבעים יהפכו לבורג משמעותי בהצלחת הצהובים. כבר בעונתם הראשונה, זכו התינוקות בגביע המדינה, לאחר "סדרת גמר" (באותם ימים, לאחר משחק שנסתיים ללא הכרעה במשך 120 דקות, נקבע משחק חוזר) מול הפועל חיפה, כשאורי קדמי מכריע את המשחק השלישי בדקה ה87: הגביע חוזר הביתה, ולאחר חמש עונות ללא תואר, הבצורת נשברת.
מגמת ההשתפרות תפסה תאוצה, ואמנם לא הספיקה לאליפות, אך ג'רי שחזר את הזכייה בגביע המדינה, והצהובים שמרו על התתואר עונה שנייה ברציפות, זאת כשהם מדיחים בין היתר את הפועל פתח תקווה, מכבי נתניה, ומכבי פתח תקווה, ומנצחים בגמר את בני יהודה. הזכייה בגביע המתיקה את עזיבתו של ג'רי בית הלוי, ואלייה התווסף רפי לוי, הכובש המחונן, שחזר לקדנציה נוספת. מאמנה החדש של מכבי, אליעזר שפיגל (אביו של גיורא שפיגל), השכיל לזכות בתואר אלוף האלופים בפעם הראשונה בתולדות המועדון, אך הקבוצה התקשתה לרשום הישגים ביתר המפעלים.
העונה הבאה (1966/68) היא מהמוזרות בתולדות הכדורגל הישראלי. לצד משחקי הליגה שנפרסו על פני שנתיים (60 מחזורים), שוחקו שני טורנירי גביע. העונה נפתחה כשמרבית שחקני הקבוצה דורשים במכתב חתום את פיטוריו של המאמן, ודרישתם נענית. את מקומו של שפיגל תופס ישראל חליבנר, שחקן העבר, במטרה לזכות באליפות ושני גביעים. חליבנר עמד במרבית מטרותיו: הגביע הראשון לעונה נצבע צהוב, ומשה עסיס נקרא להניף את הגביע לאחר ניצחון בגמר בדרבי לוהט מול 22,000 צופים. את הגביע השני הפסידה הקבוצה לאחר שהודחה מול הפועל פתח תקווה. אותה פתח תקווה זכתה לחזות בצהובים זוכים באליפות לאחר עשור, כשגיורא שפיגל קובע 2:0 במשחק שחתם את גורל האליפות. אליפות זו היא מהמרשימות בתולדות המועדון, מאחר ובמשך מרבית העונה (שנמשכה שנתיים), הובילה הקבוצה את הטבלה.
העשור נסגר בעונה דרמטית במיוחד, כאשר חוב של 250,000 לירות איים על קיום המועדון והאגודה כולה. המשבר הכלכלי הוביל לאימוץ סטנדרטים ניהוליים שחלקם נהוגים עד היום. מכבי פתחה את העונה עם זכייה באלוף האלופים לאחר ניצחון על בני יהודה, ובינואר 1969 יצאה לייצג בפעם הראשונה את ישראל בגביע אסיה לאלופות. מכבי העפילה לגמר לאחר ניצחון מוחץ 6:1 על מיסורה ההודית. הגמר הפגיש את הצהובים עם יאנגצ'י, אלופת דרום קוריאה, שזכתה לספוג מעט מהמכביזם, לאחר שדרור בר נור כבש את השער המכריע בדקה ה-112. בפעם הראשונה בתולדותיה, מכבי תל אביב אלופת אסיה! דווקא בנק' השיא החלה החלשות הקבוצה, ולאחר שהודחה מכבי מהגביע מול הזוכה, הכח רמת גן, מצאה עצמה מכבי בצניחה חופשית, שעלתה למועדון באובדן אליפות טראגי.
תארים בתקופה זו:
1 אליפויות: 1966/68
3 גביעי המדינה: 1963/64, 1964/65, 1966/67
2 אלוף האלופים: 1965/66, 1968/69
1 גביעי אסיה לאלופות: 1968/69