בתחילת העונה רשמה הקבוצה הישג נאה כשהעפילה בפעם השלישית בתולדותיה לשלב הבתים של הליגה האירופית. בגלל ההפסד בגמר גביע המדינה בעונה הקודמת נאלצה הקבוצה לעבור 3 סיבובי מוקדמות+פלייאוף:
סיבוב 1 - ניצחון כפול בשני המשחקים על גוריצה, 0-3 בארץ משערים של נוסא איגבור (2) ואורלנדו סה ו-1-0 בחוץ משער של יוסי בניון.
סיבוב 2 - תיקו במשחק הראשון 1-1 נגד קאיראט אלמטי בחוץ משער של יוסי בניון וניצחון בגומלין בארץ 1-2 משערים של טל בן חיים (החלוץ) וגל אלברמן.
סיבוב 3 - ניצחון כפול בשני המשחקים על פאנדורי מרומניה, 3-1 משערים של טל בן חיים (החלוץ), נוסא איגיבור ודור מיכה ו-1-2 בגומלין משערים של נוסא איגבור ואוסקר סקאריונה.
סיבוב הפלייאוף - אחרי ניצחון 1-2 בארץ משערים של גל אלברמן ואוסקר סקאריונה, הקבוצה הייתה בפיגור 1-2 בגומלין (שער של סקאריונה למכבי) והמשחק הלך חהראכה ולפנדלים בהם ניצחו הצהובים 4-3 ועלו לשלב הבתים.
בשלב הבתים הוגרלה הקבוצה עם זניט סנט פטרסבורג הרוסית, דונדלק האירית ואלקמאר ההולנדית.
במחזור הראשון אירחה מכבי ת"א את זניט באצטדיון נתניה, צמד נהדר של האריס מדוניאנין ב-2 בעיטות חופשיות ועוד שער נגיחה של וידאר קיארטאנסון בתווך העמידו את מכבי ת"א על סף ניצחון גדול באירופה עם 0-3 בדקה ה-70. אך אז קרה הבלתי יאמן: בתוך 13 דקות הצליחו הרוסים להבקיע 4 שערים ולהפוך את התוצאה ל4-3.
במחזור השני קיוו הצהובים לתקן את הרושם מהמשחק הקודם אך הפסידו במפתיע לדונדלק באירלנד 0-1
במחזור השלישי השיגו הצהובים ניצחון נהדר בהולנד 2-1 משערים של אוסקר סקאריונה ואייל גולסה בפצצה מ-20 מטר לחיבורים.
במחזור הרביעי סיימו הצהובים בתיקו 0-0 עם אלקמאר בארץ.
במחזור החמישי הפסידו הצהובים ברוסיה 0-2.
במחזור השישי, קיוותה מכבי לאיבוד נקודות של ההולנדים נגד הרוסים במשחק המקביל בצירוף לניצחון צהוב שהיה שולח את מכבי לשלב הבא. הצהובים עשו את שלהם עם ניצחון 1-2 על דונדלק משערים של טל בן חיים (החלוץ) ודור מיכה אך ההולנדים ניצחו ומכבי סיימה את דרכה באירופה כשהיא מדורגת במקום השלישי בבית עם מאזן של 2 נצחונות, תיקו ו-3 הפסדים שהניב 7 נקודות.
לאחר איבוד התארים הכואב בעונה הקודמת (2015/16) ולאחר שאיבדה את כוכבה הגדול, ערן זהבי, שעבר לחו"ל, עמדה מכבי ת"א בפני עונת בנייה. בנוסף איבדה הקבוצה גם את אצטדיונה הביתי בלומפילד עקב שיפוצים ונאלצה לעבור לאצטדיון נתניה. המאמן פיטר בוס עבר לאייאקס ובמקומו מונה שוטה ארבלדזה ששיחק בעברו בקבוצות הפאר טרבזונספור הטורקית , גלזגו ריינג'רס הסקוטית ואייאקס ואלקמאר ההולנדיות. לפני הגעתו לישראל אימן בטורקיה מספר קבוצות. ב30 באוגוסט 2016 הוחתם וידאר קיארטאנסון עבור סכום שיא במועדון (ובכדורגל הישראלי): כ-3.5 מליון יורו, כמי שאמור למלא במעט את החלל הגדול שהותיר אחריו זהבי. בנוסף אליו הגיעו הזרים אוסקר סקאריונה ואיגור פיליפנקה, הישראלים יוסי בניון ודניאל ליפשיץ והצעירים שגיב יחזקאל, דניאל טננבאום.
פתיחת העונה הייתה מצוינת עם 5 נצחונות ותיקו ב-6 המחזורים הראשונים:
מחזור 1 - 1-3 על הפועל כפר סבא במשחק רדיוס בטדי משער של עדן בן בסט וצמד של טל בן חיים (החלוץ).
מחזור 2 - 2-1 באשדוד משערים של אוסקר סקאריונה וטל בן חיים (החלוץ).
מחזור 3 - 2-2 מול בית"ר ירושלים למכבי: נוסא איגיבור וטל בן חיים (החלוץ).
מחזור 4 - 3 ימים לאחר המשחק המשוגע מול זניט במסגרת האירופית, ניצחון גדול 3-0 על הפועל רעננה מצמד של טל בן חיים (החלוץ) ושער של אבי ריקן.
מחזור 6 - במשחק שהוקדם מהמחזור ה-6 הביסה מכבי ת"א את הקבוצה המקומית בסכנין 3-0 מצמד של אוסקר סקאריונה ושער של וידאר קיארטאנסון.
מחזור 5 - במחזור זה אירחה מכבי ת"א את הפועל ת"א לדרבי הגדול של ת"א באצטדיון נתניה. כבר בדקה ה-5 האיצטדיון רעד. הרחקה גרועה של מגן הפועל הגיעה ישירות לרגליים של נוסא איגיבור. הניגרי לא התבלבל, ומקרוב דחק את הכדור לרשת - 0-1 למכבי. עם פתיחת המחצית השניה, בדקה ה-55 התקפה מתפרצת שהתחילה עם כדור ארוך של סקאריונה הותירה את מדונאנין לבד לדהירה של 25 מטרים. הבוסני עם פרגון ענק לבן חיים סידר לחלוץ מצב של אחד על אחד עם השוער - 0-2 למכבי. 9 דקות עברו ושוב אותו שיתוף פעולה: קרן קצרה של הבוסני הביאה את החלוץ לפינת רחבת ה-16 ומשם ירה בן חיים כדור אדיר לחיבורים - 0-3 למכבי וצמד לחלוץ. מי שהרגיש קצת מחוץ לעניינים היה קיארטנסון. בדקה ה-75, לקח החלוץ האיסלנדי את הכדור, עבר שלושה מגנים ובעט בעיטה ענקית לחיבורים - -0-4 ענק למכבי. בדקה ה-83 השלים קיארטנסון צמד לאחר שכבש בנגיחה לאחר בעיטה חופשית - 0-5 אדיר למכבי ת"א על הפועל ת"א. בכך השוותה מכבי שיא בן 46 שנה - הניצחון הגבוה ביותר בדרבי - 0-5 שהושג לראשונה על ידי מכבי ת"א של גיורא שפיגל וניסים בכר בעונת 1969/70.
הקבוצה דורגה אחרי 6 מחזורים במקום הראשון עם 16 נקודות ויחס שערים 4-18 ש-8 מהם כבש טל בן חיים (החלוץ).
אך דווקא אז הפסידה הקבוצה פעמיים ברציפות למכבי חיפה בבית, 2-0 ולאלופה הפועל באר שבע בחוץ באותה תוצאה, במשחק העונה הראשון.
ההדרדרות ביכולת הקבוצה נמשכה גם ב-5 המחזורים הבאים בהם הצליחה הקבוצה לנצח רק 2 משחקים: 2-1 בקרית שמונה במחזור ה-10 מצמד של קיארטנסון כולל שער ניצחון דרמטי בתוספת הזמן ו-4-2 בסמי עופר מול הפועל חיפה משערים של דור מיכה ושער עצמי, שהעלו את מכבי ליתרון כפול אותו הספיקה לשמוט ולהחזיר מאוחר יותר משערים של גל אלברמן בבעיטה נהדרת מ-20 מטר לחיבורים ווידאר קיארטאנסון.
בסה"כ צברה הקבוצה בסיבוב הראשון מאזן מאכזב של 7 נצחונות, 3 תיקו ו-3 הפסדים ודורגה במקום השני עם 24 נקודות - פער של 10 נקודות מהפועל ב"ש האלופה שבפסגה.
בפתיחת הסיבוב השני סיימה הקבוצה בתיקו מאכזב בכפר סבא 1-1 משער של ברק יצחקי, אל נהנתה מהפסד מפתיע של הפועל באר שבע כך שהפער קטן בנקודה במקום לגדול. במשחק גם הורחק טל בן חיים (החלוץ).
שבוע לאחר מכן היה זה שוב ברק יצחקי שכבש והפעם העניק ניצחון דחוק 0-1 על מ.ס. אשדוד. הצהובים ניצלו איבוד נקודות נוסף של הפועל ב"ש כדי לצמצם את הפער בטבלה ל-7 נקודות.
במחזור ה-16, הדרומיים המשיכו לאבד נקודות כשסיימו בתיקו נוסף והצהובים יכלו לנצל את ההזדמנות כדי לצמצם את הפער מהפסגה ל-5 נקודות ולהחזיר את המאבק לחיים במידה וינצחו את בית"ר ירושלים בטדי. למרבה הצער, מכבי ת"א הפסידה 0-1. בעקבות ההפסד והיכולת הרעה שהפגינה הקבוצה, פוטר המאמן שוטה ארבלדזה. יש שטענו כי הכישלון נבע בגלל סירוב הקבוצה למכור את טל בן חיים (החלוץ) וספסולו על ידי המאמן.
בחלון ההעברות של ינואר עברה הקבוצה מתיחת פנים עם עיזבת האריס מדוניאנין, נוסא איגיבור ועדן בן בסט והגעתם של שרן ייני שחזר מהשאלה מהולנד, רובן מיקאל, ארון שוינפלד, ראמון רומא ומרסלו דוס סנטוס.
עד למינויו של מאמן קבוע, שימש המנג'ר המקצועי, ג'ורדי קרויף כמאמן זמני והצליח להוביל את הקבוצה למאזן מצוין של 5 נצחונות ותיקו ב-6 משחקי ליגה, כש-3 הנצחונות הראשונים היו ברצף:
מחזור 17 - 1-4 על הפועל רעננה משערים של יוסי בניון, ברק יצחקי, טל בן חיים (החלוץ) ווידאר קיארטנסון.
מחזור 18 - 1-0 בדרבי הגדול של תל אביב משער של קיארטנסון.
מחזור 19 - 1-2 על בני סכנין מצמד של אוסקר סקאריונה. מכבי מנצלת תיקו של באר שבע כדי לצמצם את הפער בפסגה ל-6 נקודות.
מחזור 20 - תיקו 2-2 עם מכבי חיפה כשוידאר קיארטנסון משווה פעמיים כולל בדקה ה-93. מכבי שומטת 2 נקודות ערב משחק העונה והפער גדל שוב ל-8 נקודות.
מחזור 21 - ניצחון צהוב במשחק העונה 0-1 על הפועל באר שבע משער מוקדם של וידאר קיארטנסון. הפער בפסגה רק 5 נקודות.
מחזור 22 - ברק יצחקי מעניק לקרויף ניצחון במשחקו האחרון כמאמן זמני עם 1-0 על מכבי פתח תקווה במושבה.
הגעתו של המאמן הקבוע ליטו וידיגאל לא פגעה ביכולת הקבוצה ומכבי ת"א השלימה רצף של 7 נצחונות עם 5 נצחונות בחמשת המחזורים הבאים:
מחזור 23 - 0-3 על עירוני קריית שמונה משלושער של וידאר קיארטאנסון. מכבי ת"א מנצלת איבוד נקודות של הפועל ב"ש כדי לצמצמם את הפער ל- 3 נקודות בלבד.
מחזור 24 - 0-2 על בני יהודה משערים של ברק יצחקי ווידאר קיארטאנסון. הניצחון הצמיד את מכבי ת"א זמנית לב"ש שבפסגה והשווה את מספר הנקודות לזה של ב"ש (50) - פער 10 הנקודות שנוצר בתום הסיבוב הראשון נמחק.
מחזור 25 - 2-1 באשקלון משערים של טל בן חיים (החלוץ) וברק יצחקי.
מחזור 26 - ניצחון במחזור הסיום של העונה הסדירה, 0-1 על הפועל חיפה משער עצמי אירוני של דור פרץ שהושאל לאדומים מחיפה.
בסה"כ השיגה הקבוצה בסיבוב השני מאזן נהדר של 10 נצחונות, 2 תיקו והפסד בודד ודורגה ערב הפלייאוף במקום השני עם 56 נקודות, 3 פחות מב"ש שבפסגה.
מחזור 27 - ניצחון במחזור פתיחת הפלייאוף 0-3 על בני סכנין משערים של ברק יצחקי, רובן מיקאל וטל בן חיים (החלוץ).
במחזור ה-28 התארחו הצהובים אצל האדומים בטוטו טרנר למשחק העונה ה-3 כשניצחון צהוב היה משווה את מספר הנקודות של 2 הקבוצות. למרבה הצער, מכבי הפסידה 0-1 לאחר שאלי דסה ספק הכשיל את מאור מליקסון ברחבה בדקה ה-22. בן שהר דייק מהנקודה הלבנה וקבע את התוצאה.
הצהובים לא נשברו והביסו במחזור הבא את מכבי חיפה בנתניה 0-3 מצמד שלטל בן חיים (החלוץ) ושער נוסף של דור מיכה.
גם במחזור ה-30 ניצחה מכבי ת"א - 0-2 את מכבי פ"ת משער עצמי ושער של טל בן חיים (החלוץ).
במחזור ה-31 סיימו הצהובים בתיקו 1-1 בטדי לאחר שכבר הוליכו 1-0 משער של טל בן חיים (החלוץ) שנפצע והוחלף. בעקבות איבוד הנקודות הפער בצמרת צמח ל-8 נקודות והאליפות החלה להתרחק.
בפתיחת הסיבוב השני של הפלייאוף ניצחו הצהובים את בני סכנין בחוץ 3-1 משער בכורה של אייל גולסה וצמד של וידאר קיארטאנסון ששבר בצורת של 8 משחקים.
המגמה החיובית נמשכה גם בפתיחת משחק העונה ה-4 מול הפועל ב"ש שאירחה מכבי ת"א במחזור ה-32. כבר אחרי 23 דקות העלה החלוץ האיסלנדי את הצהובים ל-0-1. עם פתיחת המחצית השניה השוו הדרומיים ל-1-1 כשמאוחר יותר, דקה לסיום המשחק השלימו האורחים מהפך 2-1 והבטיחו אליפות אדומה שנייה ברציפות כשפער הנקודות בינם לבין מכבי עומד על 11, 3 מחזורים לסיום. לאחר שהצהובים עשו זאת פעמיים (הבטחת האליפות במגרש של ב"ש) בעונות 1994/95 ו2013/14, הפעם היו אלו האדומים מהדרום שחגגו במגרש הביתי של הצהובים.
ב-3 המחזורים שנותרו ניצחה מכבי ת"א את מכבי חיפה בסמי עופר 2-0 משערים של וידאר קיארטאנסון ואבי ריקן והפסידה למכבי פ"ת 1-2 (למכבי: אבי ריקן) ולבית"ר ירושלים 2-0.
בסה"כ השיגה הקבוצה בפלייאוף מאזן של 5 נצחונות, תיקו ו-4 הפסדים וסיימה את העונה במקום השני עם 72 נקודות בפער גדול מהפסגה - 13 נקודות.
מלך השערים של הליגה בא שנה חמישית ברציפות משורות הצהובים - וידאר קיארטאנסון עם 19 שערים. עוד תרמו בעונה זו טל בן חיים (החלוץ) עם 15 שערים ו-4 בישולים, ברק יצחקי עם 7 שערים, אוסקר סקאריונה עם 5 שערים ו-3 בישולים, דור מיכה עם 2 שערים ו-12 בישולים ואלי דסה עם 5 בישולים.
בדרך להופעה שלישית ברציפות בגמר גביע המדינה, הישג שלא קרה למועדון הצהוב מאז הקבוצה הגדולה של מכבי ת"א בתחילת שנות ה-90 (עונת 1991/92, עונת 1992/93 ועונת 1993/94), ניצחה הקבוצה:
בסיבוב ח' - את בני לוד 3-0 מצמד של קיארטנסון ושער של בניון.
בשמינית - את הפועל רעננה בפנדלים 4-2 לאחר 1-1 בהארכה. את השער למכבי כבש קיארטנסון.
ברבע - את מכבי פתח תקווה במפגש כפול: 1-0 במושבה משער של טל בן חיים (החלוץ) ו1-2 משערים של וידאר קיארטנסון ואוסקר סקאריונה.
ב-5 באפריל נצבע אצטדיון סמי עופר כולו בצהוב כאשר מכבי ת"א ובית"ר ירושלים נפגשו למשחק חצי גמר גביע המדינה. בדקה ה-18 הגיע שער היתרון של מכבי. מתפרצת מהירה הגיעה לייני שהרים ברגל שמאל לרחבה, ארון שוינפלד הסתנן, הקדים את קליימן והמשיך עם הגוף פנימה, 1-0 לתל אביבים. בדקה ה-60 דסה הכניס למיכה שהפגיז לרשת את ה-2-0 וקירב את מכבי לגמר. שער מצמק של הירושלמים קבע את התוצאה 2-1 למכבי ת"א.
בגמר גביע המדינה פגשה מכבי ת"א את בני יהודה באצטדיון טדי. המשחק הסתיים ב-0-0 לאחר 120 דקות כולל הארכה ו-2 הקבוצות ניגשו לדו קרב הפנדלים. מכבי כבר הוליכה 1-3 לאחר 3 בעיטות לכל צד ונראה שהגביע הולך לצד הצהוב אך החטאות של סקאריונה בניון וטל בן חיים (הבלם) קבעו הפסד של מכבי ת"א 4-3 בפנדלים לכתומים של בני יהודה שזכו בגביע ראשון מזה 36 שנה.
מנגד, בצד הצהוב, עונה שניה ברציפות שמכבי ת"א של ג'ורדי קרויף לא זוכה באף תואר ומסתפקת בסגנות הליגה ובהגעה לגמר גביע המדינה.
התחושות הקשות בסיום העונה הובילו להיפרדות ממאמן מכבי, ליטו וידיגאל.
לאוהדים הצהובים נותר להתנחם בירידת היריבה העירונית, הפועל ת"א, לליגה השניה, לראשונה מזה 27 שנים, כמאמר השיר: "יבוא היום הפועל תחזרו ללאומית..."
