עונה זו נחשבת לטובה ביותר בקדנציה השנייה של אברהם גרנט. לקראת העונה נעשו מספר שינויים בסגל: נרכשו הזרים אלכסיי קוסולאפוב ואנדז'יי קוביקה, אבי נמני חזר מאירופה ונרכשו הישראלים משה גלאם וכפיר אדרי. בתחילת העונה הובא השוער רפי כהן (השוער) לעמוד בשער. כמו כן, הקבוצה התבססה על הצעירים: דוד רביבו, דדי בן דיין, גיא צרפתי ובן לוז. באמצע העונה הצטרפו לקבוצה מרקו בלבול, אופיר חיים ומייקל אמנלו. גם איציק זוהר חזר למדים הצהובים אך הושבת רוב העונה בשל פציעה ושותף ב-8 משחקים בלבד בסיום העונה.
העונה נפתחה לא טוב עם תיקו ו-2 הפסדים ב-3 המחזורים הראשונים:
מחזור 1 - תיקו רב שערים 3-3 במחזור הפתיחה באשדוד משערים של אלכסיי קוסולאפוב, אנדז'יי קוביקה בפנדל ואלי דריקס.
מחזור 2 - תבוסה ביתית 3-0 למכבי פ"ת.
מחזור 3 - הפסד לעירוני ראשל"צ 2-3. למכבי: קוביקה ודדי בן דיין.
במחזור ה-4 התאוששה הקבוצה עם ניצחון 1-2 על מכבי חיפה (למכבי: רביבו וקוביקה).
בשני המחזורים הבאים חזרו הצהובים לסורם עם הפסד להפועל ירושלים 2-3 אחרי שכבר הוליכו 2-1 משערים של נמני וקוביקה בפנדל ותיקו בדרבי 1-1 מול הפועל ת"א לאחר יתרון מוקדם 0-1 משער של אלכסיי קוסולאפוב בדקה ה-5. רון נחמן שעבר לאדום השווה. המצטיין אצל הצהובים היה שורה אובארוב ששב לעמוד בשער.
צמרת הטבלה לאחר 6 מחזורים:
1. הפועל חיפה - 16 נק'
2. הפועל פ"ת - 15 נק'
3. מכבי פ"ת - 11 נק'
מכבי ת"א הרחק מאחור במקום ה-14 מתוך 16 עם 5 נקודות בלבד.
דווקא מכאן רצה הקבוצה לרצף של 5 נצחונות:
מחזור 7 - 1-0 על הפועל צפרירים חולון משער של אלון אופיר בבעיטה חופשית.
מחזור 8 - 2-3 על מכבי הרצליה משערים של אופיר חיים, אבי נמני ואנדז'יי קוביקה שגם החטיא פנדל.
מחזור 9 - 1-0 על מכבי יפו משער של נמני בפנדל.
מחזור 10 - 0-3 על הפועל פ"ת משערים של קוביקה ונמני (2).
מחזור 11 - הצגה עם 5-0 על הפועל בית שאן משער עצמי ושערים של משה גלאם, אנדז'יי קוביקה, אלי דריקס ואבי נמני.
צמרת הטבלה:
1. הפועל חיפה - 31 נק'
2. הפועל פ"ת - 24 נק'
3. מכבי חיפה - 23 נק'
4. מכבי ת"א - 20 נק'
רצף הנצחונות הקפיץ את הצהובים עד לצמרת, 11 נקודות מהמוליכה הפועל חיפה ערב המפגש ביניהן.
דווקא במחזור ה-12 מול המוליכה האדומה מחיפה נעצר הקטר הצהוב. בדקה ה-37 העלה משה גלאם את הצהובים ליתרון 0-1 אך לירון בסיס קבע את תצאת המשחק כשהשווה ל-1-1 2 דקות לסיום המחצית.
במחזור ה-13 עלו הצהובים לבירה למפגש צמרת עם האלופה היוצאת בית"ר ירושלים. לדאבונם, שער בדקה ה-86 של המארחים הכריע את ההתמודדות וקבע הפסד 0-1.
צמרת הטבלה:
1. הפועל חיפה - 35 נק'
2. מכבי חיפה - 29 נק'
3. בית"ר ירושלים - 25 נק'
4. הפועל פ"ת - 25 נק'
5. מכבי ת"א - 21 נק'
ב-2 המחזורים האחרונים של הסיבוב הראשון צברה הקבוצה רצף של 2 נצחונות:
מחזור 14 - 0-6 על בני יהודה מצמד שערים של גלאם ושערים נוספים של אדרי, קוסולאפוב, קוביקה ונמני.
מחזור 15 - 0-5 על הפועל כפ"ס משלושער של קוביקה ושערים נוספים של נמני ואדרי.
בסה"כ השיגה הקבוצה בסיבוב הראשון מאזן טוב של 8 נצחונות, 3 תיקו ו-4 הפסדים ודורגה במקום החמישי עם 27 נקודות, 11 פחות מהמוליכה הפועל חיפה. הצמרת בתום הסיבוב:
1. הפועל חיפה - 38 נק'
2. מכבי חיפה - 35 נק'
3. בית"ר ירושלים - 31 נק'
4. הפועל פ"ת - 28 נק'
5. מכבי ת"א - 27 נק'
בסיבוב השני חל שיפור עצום ביכולת הקבוצה והיא פתחה אותו עם 5 נצחונות שהשלימו רצף של 7 נצחונות:
מחזור 16 - 0-4 על עירוני אשדוד משערים של אדרי, קוסולאפוב, נמני וקוביקה.
מחזור 17 - 3-0 על מכבי פ"ת משערים של צרפתי, נמני וקוסולאפוב.
מחזור 18 - 1-2 על עירוני ראשל"צ משערים של קוביקה ונמני בפנדל. מכבי מנצלת את התיקו במשחק הצמרת בין הירוקים מחיפה לבין הצהובים שחורים בטדי כדי להשתוות ל-2 הקבוצות בטבלה:
1. הפועל חיפה - 47 נק'
2. בית"ר ירושלים - 36 נק'
3. מכבי ת"א - 36 נק'
4. מכבי חיפה - 36 נק'
5. הפועל פ"ת - 32 נק'
מחזור 19 - מול יציעים מלאים בקריית אליעזר כמו בימים הגדולים של 2 הקבוצות, ניצחה מכבי ת"א בקרב על המקום השני בטבלה 2-1 את מכבי חיפה משערים של נמני וקוביקה. לקראת סיום החיפאים צימקו משער של יוסי בניון שלא היו בו כדי להשכיח את המשחק הנפלא של הצהובים.
הטבלה:
1. הפועל חיפה - 48 נק'
2. בית"ר ירושלים - 39 נק'
3. מכבי ת"א - 39 נק'
4. מכבי חיפה - 36 נק'
5. הפועל פ"ת - 33 נק'
6. הפועל ת"א - 33 נק'
מחזור 20 - 0-4 על הפועל ירושלים משערים של קוביקה (2) ונמני (2). מכבי מנצלת הפסד של בית"ר כדי להעפיל למקום השני בטבלה:
1. הפועל חיפה - 51 נק'
2. מכבי ת"א - 42 נק'
3. בית"ר ירושלים - 39 נק'
4. מכבי חיפה - 39 נק'
5. הפועל פ"ת - 36 נק'
6. הפועל ת"א - 36 נק'
הריצה הצהובה נעצרה דווקא בדרבי בו נכנעה הקבוצה להפועל ת"א 0-2.
שבוע לאחר מכן הצהובים התפוצצו עם 0-4 על צפרירים חולון משערים של כפיר אדרי (2) ואלכסיי קוסולאפוב (2).
במחזור ה-23 ניצחו הצהובים 1-0 בהרצליה משער של גיא צרפתי.
במחזור ה-24 חיברו הצהובים ניצחון שלישי רצוף כשהביסו את מכבי יפו 0-4 משערים של גלאם, קוביקה וצמד של נמני שבשני בעט כדור אדיר לחיבורים מ-20 מטרים. לדאבונם של הצהובים גם הפועל חיפה המשיכה בריצה שלה ומאבק אמיתי על האליפות לא נראה באופק:
1. הפועל חיפה - 60 נק'
2. מכבי ת"א - 51 נק'
3. בית"ר ירושלים - 49 נק'
4. מכבי חיפה - 48 נק'
5. הפועל ת"א - 43 נק'
6. הפועל פ"ת - 40 נק'
הרצף הצהוב נעצר שוב במשחק רווי מהפכים ואירועים בפ"ת במחזור ה-25. כבר אחרי 8 דקות העלה ראובן עטר את המארחים ליתרון 0-1.
בדקה ה-24 הורחק קפטן הפועל פ"ת בני קוזשווילי לאחר עבירה קשה על משה גלאם. מכבי לא נשברה ובדקה ה-30 הפציץ אבי נמני את השוויון בבעיטה אדירה מהאוויר תוך הקפצת כדור ומ-20 מטרים לרשת.
בדקה ה-45 הוכשל נמני ברחבה. קוסולאפוב החטיא את הפנדל אך כבש את הריבאונד וקבע מהפך 2-1 לצהובים. שער נהדר של מיכאל זנדברג בדקה ה-50 החזיר את התוצאה לשוויון 2-2. בדקה ה-56 הורחק מייקל אמנלו בעקבות עבירה שביצע ברחבה. מוטי קקון כבש בפנדל וקבע את תוצאת המשחק 2-3.
בדקה ה-80 נותרה מכבי ב-9 שחקנים לאחר הרחקתו של אלי דריקס.
במחזור ה-26 ניצחה הקבוצה את הפועל בית שאן בבית 1-3 משערים של כפיר אדרי, איציק זוהר ודדי בן דיין.
4 מחזורים לסיום הפער מהפסגה עמד על 10 נקודות כשנותרו 12 בקופה:
1. הפועל חיפה - 64 נק'
2. מכבי ת"א - 54 נק'
3. בית"ר ירושלים - 53 נק'
4. מכבי חיפה - 51 נק'
במחזור ה-27 אצטדיון קריית אליעזר אירח את משחק העונה בין הפועל חיפה למכבי ת"א. הצהובים שאפו להשיג ניצחון שהיה משאיר סיכוי תיאורטי לאליפות ולא התכוונו לשמש תפאורה לאליפות ההסטורית והראשונה בתולדות הפועל חיפה. כבר אחרי 5 דקות העלה קוביקה את הצהובים ל-0-1. התשובה של המארחים לא איחרה לבוא עם 2 שערים של אורן זיתוני לרשת של אובארוב.
בדקה ה-37 השווה גיא צרפתי ל-2-2.
2 דקות לתום המחצית קבע אורן נסים את תוצאת המשחק 2-3 שהבטיחה אליפות היסטורית למארחים.
שבוע לאחר מכן, במחזור ה-28 אירחה מכבי ת"א את בית"ר ירושלים בר"ג לקרב ישיר על המקום השני המבטיח אירופה. בדקה ה-16 עלו האורחים ליתרון משער בנגיחה של אקס הצהובים ניר סביליה.
היתרון החזיק מעמד רבע שעה עד שקוביקה איזן ל-1-1 בדקה ה-31.
רבע שעה בתוך המחצית השנייה, הירושלמים חזרו להוביל לאחר שכדור חופשי של אבוקסיס פגע באלון אופיר ושינה כיוון בדרך לרשת של אובארוב 2-1 לבית"ר.
16 דקות חלפו והקשר התל אביבי (אלון אופיר) החזיר עם שער בנגיחה בצד השני - 2-2. 4 דקות חלפו והמגן דדי בן דיין השלים מהפך עם שער נהדר בנגיחה מ-11 מטר לחיבורים - 2-3 למכבי.
בדקה ה-86 בישול נהדר של קוביקה לאיציק זוהר שקבע 2-4 גדול למכבי ת"א.
עד לתום העונה השלימה מכבי ת"א רצף של 3 נצחונות:
מחזור 29 - 1-2 על בני יהודה משערים של אלון אופיר בפנדל וקוסולאפוב.
מחזור 30 - חגיגה עם 5-0 על הפועל כפר סבא משערים של גיא צרפתי, צמד של קוביקה, אלי דריקס ואלי ביטון. היה זה משחקו האחרון ושערו האחרון של הקפטן אלי דריקס במדי מכבי ת"א. חילופי דורות - היה זה משחק הבכורה ושער הבכורה של אלי ביטון במדי הקבוצה מבישול של אלי דריקס.
בסה"כ השיגה הקבוצה בסיבוב השני מאזן מצוין של 12 נצחונות, 0 תיקו ו-3 הפסדים וסיימה את העונה במקום השני עם 63 נקודות כסגנית האלופה במרחק של 8 נקודות מהפסגה.
חלוץ הרכש הפולני, אנדז'יי קוביקה, בעונתו הראשונה בקבוצה סיים כמלך השערים של הליגה עם 21 שערים. המוציא לפועל העיקרי מלבדו היה הקפטן אבי נמני בעונה מצוינת עם 17 שערים. גם קוסולאפוב (9), אדרי (6), גלאם (5) וצרפתי (4) תרמו את חלקם. גם שורה אובארוב חזר והצדיק את מקומו כשוער הראשון לאחר שנתיים פחות טובות שגרמו להבאתו של רפי כהן (השוער).
בגביע המדינה הודחה הקבוצה כבר בשלב שמינית הגמר לאחר הפסד להפועל פ"ת 2-0.
שנה לאחר ההפסד בגמר גביע הטוטו לבית"ר ירושלים , העפילה מכבי ת"א לגמר שני רצוף שוב נגד הצהובים-שחורים. הירושלמים הוליכו 0-1 עד שאבי נמני השווה ל-1-1 בדקה ה-82 בשער וירטואוזי מ-16 מטר. כמו בשנה שעברה גם הפעם המשחק הלך להארכה. בדקה ה-102 הוכשל נמני ברחבה וניגש לבעוט את הפנדל. כמו בגמר הקודם, גם בגמר הזה החטיא נמני את הפנדל אך הפעם הצליח לדחוק את הריבאונד, להשלים את המהפך ל-2-1 ולהבטיח זכייה שנייה בתולדות המועדון בגביע הטוטו.