לקראת פתיחת עונת 2000/01 רוחות של שינוי החלו לנשוב בקרית שלום. אחרי 4 שנים כושלות עזב המאמן אברם גרנט לנבחרת הצעירה ומשם למכבי חיפה ובמקומו הובא מאמן נבחרת ישראל שלמה שרף. גם בגזרת השחקנים חלו שינויים גדולים: קפטן הנבחרת טל בנין חזר מאיטליה כדי לחתום בקבוצה, החלוץ קובי רפואה נרכש ממכבי פ"ת וכחיזוק זר הובא החלוצים מהו קודרו ופרנץ הורבאט.
באמצע העונה נרכש הקשר הצעיר ברוך דגו ממ.ס. אשדוד והחלוץ רודריגו גולדברג חזר לקדנציה שנייה בקבוצה.
בעונה זו הליגה כללה 12 קבוצות ששיחקו ביניהן במשך 3 סיבובים בני 11 משחקים כל אחד - 33 מחזורים בסה"כ. לאחר שלב זה הליגה פוצלה לשני בתים וקבוצות בכל בית שיחקו ביניהם. בכך מספר המחזורים הכולל היה 38.
פתיחת העונה הייתה סוערת אבל לאו דווקא בגלל מה שקרה על המגרש. הקבוצה ניצחה בקושי במחזור הראשון 0-1 את בני יהודה מפנדל של בנין בדקה ה-50 ובמחזור השני חזרה עם תיקו 2-2 מקריית אליעזר מול הפועל חיפה (למכבי: ודז'ינסקי ורפואה).
לאחר המשחק התראיין המאמן שרף וביקר את שחקניו על יכולתם החלשה. כשנשאל על קפטן הקבוצה אבי נמני אמר: "הוא שיחק בושה וחרפה. לא ראיתי אותו על המגרש". למחרת נמני הגיב ואמר: "שרף הוא המאמן ומותר לו לומר כמעט הכל, אבל לא הכל. הביקורת שלו מועברת בצורה ברברית, פרימטיבית ופוגעת".
נמני אמנם התנצל בפני שרף אך זה דרש להשעות אותו מהקבוצה, להדיח אותו מתפקיד הקפטן ואף לקנוס אותו. הבעלים לוני הרציקוביץ' שניסה לפשר בין השניים, התייצב לבסוף לצד השחקן: "מאמן עומד מעל שחקן ויו"ר קבוצה מעל מאמן". שרף פוטר מהקבוצה. נמני נקנס אך לא הושעה והמשיך לשמש כקפטן הקבוצה. יש לציין כי מבחינת קהל האוהדים האשם בפרשה היה דווקא נמני שהגיב על דבריו של שרף. במשך כמה משחקים הקהל אף מחה כנגדו.
הפרשה השפיעה על יכולת הקבוצה ובשני המחזורים הבאים הקבוצה הפסידה: במחזור ה-3 1-0 למכבי נתניה בבית כשאלי דריקס משמש כמאמן זמני ובמחזור ה-4 1-3 להפועל פ"ת בחוץ כשצרפתי מורחק בכרטיס אדום לפני המחצית ונמני מצליח לצמק ל-1-2 בדקה ה-80 בדריבל נהדר. היה זה המשחק הראשון לאחר מינויו של ניר לוין כמאמן הקבוצה.
חילופי המאמנים החלו להשפיע והקבוצה רשמה 2 נצחונות רצופים:
מחזור 5 - 2-6 על צפרירים חולון משלושער של טל בנין, שער של קובי רפואה, שער עצמי ושער נוסף של גיא צרפתי.
מחזור 6 - 2-1 באשדוד משערים של טל בנין ומהו קודרו.
הצמרת בתום 6 מחזורים:
1. בית"ר ירושלים - 16 נק'
2. מכבי חיפה - 14 נק'
3. מכבי פ"ת - 12 נק'
4. מכבי ת"א - 10 נק'
5. הפועל ת"א - 10 נק'
הציפיות מהקבוצה עלו בעקבות המומנטום החיובי אך במחזור ה-7 עת אירחו הצהובים את הירוקים למשחק צמרת לכל דבר, הביסה מכבי חיפה את מכבי ת"א 3-0 ופתחה ממנה פער של 7 נקודות.
מחזור אחד לאחר מכן עלתה הקבוצה לטדי ושוב הפסידה, הפעם 0-1 למוליכה בית"ר ירושלים במשחק סוער שכלל את הרחקתם של שוער מכבי אדם וזיר שגרם לפנדל ושל כוכב הירושלמים ג'ובאני רוסו שירק על אחד מאוהדיו.
עד לתום הסיבוב השלימה הקבוצה רצף שלילי של 5 משחקים ללא ניצחון:
מחזור 9 - תיקו 0-0 מול מכבי פ"ת
מחזור 10 - תיקו 1-1 בראשון לציון כאשר אבי נמני מעלה את מכבי ליתרון מוקדם אך שחקנה לשעבר חיים חג'ג' משווה לטובת המקומיים לאחר ששוער הצהובים אדם וזיר הדף את הבעיטה לשערו שלו.
מחזור 11 - הפסד בדרבי התל אביבי ליריבה העירונית, האלופה היוצאת, הפועל ת"א 1-0.
בסה"כ צברה הקבוצה בסיבוב הראשון מאזן עלוב של 3 נצחונות, 3 תיקו ו-5 הפסדים ודורגה רק במקום ה-8 עם 12 נקודות מרחק של 17 נקודות ממכבי חיפה שבפסגה.
הצמרת בתום הסיבוב הראשון:
1. מכבי חיפה - 29 נק'
2. בית"ר ירושלים - 27 נק'
3. הפועל ת"א - 23 נק'
4. מכבי פ"ת - 19 נק'
הסיבוב השני אמנם נפתח עם ניצחון בשכונה במחזור ה-12 על בני יהודה 1-0 משער של אבי נמני אך אחריו הגיעו 3 משחקים ללא ניצחון: תיקו 0-0 במחזור ה-13, הפסד 1-2 בנתניה במחזור ה-14 אחרי שמכבי ת"א כבר הוליכה 0-1 משער של אנדריי טיחונוב ותיקו 1-1 במחזור ה-15 מול הפועל פתח תקווה כשנמני מציל את הקבוצה מהפסד עם שער 4 דקות לסיום.
הרצף השלילי נעצר במחזור ה-16 עם השישיה בפעם השניה לרשתה של צפרירים חולון, 6-0 משערים של אבי נמני בבעיטה לחיבורים, פרנץ הורבאט (2), קובי רפואה (2) וגז'גוז' ודז'ינסקי.
ב-2 המחזורים הבאים לא הצליחה הקבוצה לנצח כאשר סיימה בתיקו 1-1 עם אשדוד במחזור ה-17 לאחר שכבר הוליכה 0-1 משער הבכורה של ברוך דגו במדי הצהובים (מבישול של אבי נמני) ובתיקו 0-0 מול הירוקים בחיפה במחזור ה-18.
ב-3 המחזורים השיגה הקבוצה 2 נצחונות ותיקו:
מחזור 19 - 0-2 על בית"ר ירושלים משערים של טל בנין בבעיטה אדירה מ-20 מטרים ואלי ביטון.
מחזור 20 - תיקו 0-0 מול מכבי פ"ת באורווה.
מחזור 21 - ההצגה של העונה עם העשירייה לרשתה של עירוני ראשל"צ, 1-10(!!!) מצמדים של אבי נמני, קובי רפואה,ברוך דגו ופרנץ הורבאט ושערים בודדים של טל בניןודדי בן דיין.
שבוע אחרי כן, הגיעה מכבי לדרבי הגדול במחזור הסיום של הסיבוב השני, המחזור ה-22, עם מאזן של 6 משחקים רצופים ללא הפסד ובאופוריה לאחר הניצחון הענק על ראשל"צ אך נכנעה ליריבה העירונית הפועל ת"א 1-2 לאחר שאמיר שלח מכפיל את יתרון האדומים עם שער עצמי ורודריגו גולדברג בבכורה המחודשת מצמק בשער בכורה בקדנציה השניה.
בסה"כ השיגה הקבוצה בסיבוב השני מאזן בינוני של 4 נצחונות, 5 תיקו ו-2 הפסדים ודורגה רק במקום ה-7 במרחק של 22 נקודות מהמוליכה מכבי חיפה. הצמרת:
1. מכבי חיפה - 51 נק'
2. בית"ר ירושלים - 49 נק'
3. הפועל ת"א - 43 נק'
4. הפועל חיפה - 39 נק'
5. הפועל פ"ת - 31 נק'
6. מכבי פ"ת - 31 נק'
7. מכבי ת"א - 29 נק'
כמו בעונה הקודמת, הקבוצה התאוששה בסיבוב השלישי ופתחה אותו מצוין עם 5 נצחונות ותיקו ב-6 המחזורים הראשונים:
מחזור 23 - ניצחון 0-1 על בני יהודה משער של אבי נמני.
מחזור 24 - תיקו 0-0 עם הפועל חיפה.
מחזור 25 - ניצחון 0-1 על מכבי נתניה משער של אבי נמני.
מחזור 26 - ניצחון 2-1 באורווה על הפועל פ"ת מצמד של אבי נמני ב-2 פנדלים שעשה מהפך בתוצאה.
מחזור 27 - ניצחון 2-3 על צפרירים חולון משערים של נמני בפנדל , פרנץ הורבאט וגיא צרפתי בבעיטה חופשית נהדרת.
מחזור 28 - הצגה באשדוד עם 5-1 על מ.ס. אשדוד משערים של אבי נמני בבעיטה חופשית לחיבורים, ברוך דגו, רודריגו גולדברג, פרנץ הורבאט ודדי בן דיין.
אבי נמני כבש בכל אחד מ-5 הנצחונות, סך כולל של 6 שערים שהעלו את מאזנו העונתי ל-13 שערי ליגה.
ערב המפגש עם המוליכה מכבי חיפה כך נראתה הצמרת:
1. מכבי חיפה - 63 נק'
2. הפועל ת"א - 54 נק'
3. בית"ר ירושלים - 53 נק'
4. הפועל חיפה - 48 נק'
5. מכבי ת"א - 44 נק'
מחזור 29 - לאור המומנטום החיובי של 2 הקבוצות, בלומפילד היה מלא עד אפס מקום וגם הדרמה על הדשא לא איכזבה. למרות משחק טוב של הצהובים כולל בעיטה לקורה של טל בנין, היו אלו דווקא הירוקים שעלו ליתרון 0-1 בפתיחת המחצית השניה לאחר השמטה של שטראובר. בדקה ה-82 מסירת רוחב של בן דיין הגיעה לנמני והקפטן הצהוב קבע שוויון מוצדק 1-1. המשחק הוסיף להיות סוער עם התקפות מסוכנות מ-2 הצדדים כשבתווך מורחקים אוסטרובסקי מחיפה ודגו מתל אביב. דקה לתום תוספת הזמן, חזו יושבי בלומפילד באחד השערים הגדולים של יוסי בניון שעבר במצבע אישי 3 שחקנים צהובים והכניע את שטראובר כדי לקבוע ניצחון 2-1 למכבי חיפה על מכבי תל אביב.
הצהובים התאוששו במהירות עם רצף של 3 נצחונות:
מחזור 30 - ניצחון יוקרתי בטדי 0-1 על בית"ר ירושלים משער של גיא צרפתי מ-16 מטרים לאחר בישול של רודריגו גולדברג.
מחזור 31 - ניצחון דרמטי 1-2 על מכבי פ"ת. לאחר שנקלעה לפיגור 1-0 הצליחה הקבוצה להשוות ואף לבצע מהפך בזכות צמד שערים של אבי נמני, האחרון עמוק בתוך תוספת הזמן - טיל מ-16 מטרים למשקוף ופנימה.
מחזור 32 - ניצחון 3-1 בראשל"צ מצמד של אבי נמני ושער של ברוך דגו.
במחזור הסיום של הסיבוב השלישי, המחזור ה-33, אירחה מכבי את הפועל לדרבי הגדול של ת"א. היה זה הראשון בסדרה של 3 דרבים בתוך 18 ימים - 2 בליגה ו-1 בגביע. הצהובים שנאלצו להסתדר ללא אבי נמני שנעדר עקב צבירת צהובים עלו ליתרון בדקה ה-50 משער של רודריגו גולדברג. היתרון החזיק מעמד 7 דקות בלבד עד השוויון האדום של כפיר אודי ל-1-1. בדקה ה-84 השלימו האדומים את המהפך עם שער של אילן בכר שהעלה ל-1-2. אך המילה האחרונה הייתה של הצהובים שהשוו ל-2-2 כעבור 2 דקות מבעיטה חופשית נפלאה של טל בנין מ-25 מטרים.
בסה"כ השיגה הקבוצה בסיבוב השלישי מאזן מצוין של 8 נצחונות, 2 תיקו והפסד בודד (למוליכה מחיפה) אך עקב סיבוב מצוין גם של שאר קבוצות הצמרת, דורגה רק במקום ה-5, מרחק של 21 נקודות מהפסגה. הצמרת נראתה כך:
1. מכבי חיפה - 76 נק'
2. הפועל ת"א - 67 נק'
3. בית"ר ירושלים - 61 נק'
4. הפועל חיפה - 59 נק'
5. מכבי ת"א - 55 נק'
הפלייאוף נפתח במחזור ה-34 עם עוד דרבי הפעם באירוח האדומים. כבר אחרי 15 דקות העלה החלוץ הצ'יליאני של הצהובים רודריגו גולדברג את מכבי ת"א ליתרון 1-0 עם שערו השלישי ברציפות ב-3 דרבים. שער של יעקב הלל לזכות הפועל ת"א בדקה ה-67 קבע 1-1 ומנע מהצהובים ניצחון ראשון בדרבי לאחר 4 דרבים.
ערב דרבי חצי גמר הגביע, נתנה מכבי ת"א במחזור ה-35 הצגה גדולה בבלומפילד שתיזכר לשנים עם ניצחון אדיר 0-7 על קבוצת הצמרת של בית"ר ירושלים מצמד של רודריגו גולדברג, צמד של אבי נמני (השני בבעיטת יעף אדירה) ושערים של דדי בן דיין, גיא צרפתי (בבעיטה חופשית מסובבת מ-18 מטרים) וברוך דגו שגם בישל לנמני את 2 שעריו. מכבי הוליכה 0-4 כבר אחרי 33 דקות של משחק. טלסניקוב מבית"ר הורחק בדקה ה-82.
הקבוצה השלימה רצף של 3 נצחונות ב-2 המחזורים הבאים:
מחזור 36 - הצגה נוספת בבלומפילד עם 0-4 מול הפועל חיפה משלושער של אבי נמני ושער נוסף של פרנץ הורבאט.
מחזור 37 - ניצחון על הפועל פ"ת 0-2 מצמד של אבי נמני.
במחזור הסיום של הפלייאוף התארחו הצהובים אצל הירוקים בחיפה שחגגו אליפות ראשונה לאחר 7 שנים. בדקה ה-77 במצב של 2-3 לזכות מכבי חיפה, החל לחץ על הגדרות מצד אוהדי חיפה שביקשו לפרוץ לדשא. תוך כדי נפצע הנער אמיר רנד ואיבד את הכרתו. המשחק הופסק ובית הדין גזר על ניצחון טכני לטובת מכבי ת"א 3-0.
בסה"כ השיגה הקבוצה בפלייאוף מאזן מצוין של 4 נצחונות, תיקו ו-0 הפסדים אך גם 2 הסיבובים הראשונים היו בעוכריה ולכן סיימה את העונה רק במקום ה-4 בליגה במרחק של 14 נקודות מהפסגה.
הטבלה הסופית של הפלייאוף העליון:
1. מכבי חיפה - 82 נק'
2. הפועל ת"א - 75 נק'
3. הפועל חיפה - 71 נק'
4. מכבי ת"א - 68 נק'
5. בית"ר ירושלים - 62 נק'
6. הפועל פ"ת - 46 נק'
מלך השערים הכללי והקבוצתי עם 25 שערי ליגה היה אבי נמני שנתן את העונה הטובה ביותר בקריירה שלו מבחינת מספרים.
גם טל בנין (8 שערים), פרנץ הורבאט (7 שערים), רודריגו גולדברג, ברוך דגו וקובי רפואה תרמו 6 שערים כל אחד. המבשל המצטיין היה גיא צרפתי עם 7 בישולים.
בדרכם למפגש עם הנשיא לראשונה מזה 4 שנים, עברו הצהובים במשחקי גביע המדינה:
בסיבוב ח' את עירוני אופקים עם הצגה גדולה (2-7 מ-2 צמדים של טל בנין ורודריגו גולדברג ושערים נוספים של פרנץ הורבאט, דדי בן דיין וגיא צרפתי)
בשמינית הגמר את מכבי אחי נצרת עם ניצחון (0-3משערים של רודריגו גולדברג, טל בנין וברוך דגו.
ברבע הגמר את מכבי נתניה בחוץ עם ניצחון (2-0מצמד של דדי בן דיין.
חצי גמר גביע המדינה זימן לצהובים מפגש דרבי מסקרן מול מחזיקת הגביע יריבתה העירונית, הפועל ת"א שנחשבה פייבוריטית - עד מפגש זה המאזן עמד על 5 דרבים רצופים ללא ניצחון למכבי (3 נצחונות להפועל ו-2 תיקו). בדקה ה-19, ממש לאחר ששטראובר גולש לרגלי שחקן הפועל ומציל שער בטוח, יצאה מכבי למתפרצת, אלי ביטון עשה דאבל פס עם ודז'ינסקי על הקו והעביר רוחב לאבי נמני ברחבה. הקפטן, שנסגר היטב, מסר לאחור לברוך דגו שהגיע ובעט לרשת - 1-0 למכבי. 4 דקות חולפות וברוך דגו בהצגה גדולה אישית משלים צמד עם שער אלכסוני מקצה הרחבה - 2-0 - מכבי עולה לגמר.
במשחק הגמר פגשה מכבי ת"א את מכבי פ"ת שהפתיעה בחצי הגמר את האלופה הירוקה מחיפה. לאחר מחצית ללא שערים, פרץ מלך השערים של הקבוצה בגביע, רודריגו גולדברג (4 שערים), את הסכר, נגח פנימה לאחר הגבהה של ברוך דגו והעלה את הצהובים ליתרון 1-0. בדקה ה-76 מצא אייל שן את אלי ביטון שכהגרלו פרץ על קו הרחבה אלא שבמקום למסור רוחב, השחקן הצעיר בעט מזווית קשה לחיבורי הקורה הנגדית ופנימה - 2-0 לצהובים. בדקה ה-90 פרץ ברוך דגו במהירות לתוך הרחבה תוך שהוא עובר את שחקני היריבה ובישל בפעם השנייה, הפעם לקפטן אבי נמני שקבע את תוצאת המשחק 3-0. בטקס הענקת הגביע הניפו אותו יחדיו אבי נמני וטל בנין. הייתה זו הזכייה ה-14 של מכבי ת"א בגביע המדינה מקום המדינה וה-20 בתולדות המועדון. עבור המאמן ניר לוין ורבים משחקני הקבוצה היה זה תואר ראשון משמעותי בקריירה.
