בתחילת העונה שיחקה הקבוצה במוקדמות ליגת האלופות. בסיבוב הראשון פגשה את מ.ש.ק. ז'ילינה הפסידה לה במשחק הראשון 0-1 וסיימה בתיקו 1-1 במשחק הגומלין שנערך בבודפשט בהונגריה עקב המצב הביטחוני בארץ כששער שוויון של ג'ון פנטסיל לא מנע את ההדחה מאירופה.
לעונה זו הגיעה מכבי ת"א כאלופת המדינה והייתה ציפיה להמשכיות. אך בטרם נפתחה העונה "רעדה האדמה" בקרית שלום. ב-13 באוגוסט 2003, נערכה מסיבת עיתונאים במתקן האימונים ובה הודיעו הבעלים לוני הרצקוביץ', המנכ"ל אלי דריקס והמאמן ניר קלינגר על הדחתם ושחרורם של שני כוכבי הקבוצה: הקפטן אבי נמני וטל בנין. הנהלת המועדון והצוות המקצועי נימקו את ההחלטה בטענה כי השניים ניהלו מלחמת אגו ומחנאות שפגעה הקבוצה ותרמה להדחתה מאירופה. היה זה שיאו של הקרע בין המאמן קלינגר לקפטן נמני שהחל עוד בעונת האליפות הקודמת, נראה היה שאוחה לקראת תום העונה אך התפוצץ כעת שוב. חלק גדול מקהל האוהדים לא קיבל את ההחלטה והחל למחות כנגד הבעלים והקבוצה.
הקבוצה התחזקה בחלוצים הזרים אלדו אדורנו ואנדז'יי קוביקה ששב לקדנציה שנייה בקבוצה. גם הישראלים אורן זיתוני וארז מסיקה ושחקני הבית תמיר כהן ולירן כהן החלו להשתלב בהרכב וברוטציה.
למרות הסערה טרם העונה, פתיחת העונה של הצהובים הייתה נהדרת. ב-8 מתוך 9 המשחקים הראשונים הקבוצה לא הפסידה והשיגה בהם 5 נצחונות ו-3 תיקו:
מחזור 1 - 0-2 ביתי מול העולה החדשה אח"י נצרת למכבי: ברונו רייס בבעיטה שטוחה מ-30 מטר לפינה ועצמי לאחר הגבהה של אלדו אדורנו. לפני המשחק נערך טקס פרידה מהחלוץ רודריגו גולדברג ששיחק 2 קדנציות בקבוצה והיה שותף פעיל לזכייה באליפות וב-2 גביעי מדינה.
מחזור 2 - תיקו מאופס 0-0 עם בני יהודה בחוץ.
מחזור 3 - 0-1 ביתי מול מכבי נתניה משער של אלדו אדורנו. בירידה למחצית נרשם אירוע חריג וחמור שבו ראובן עובד התווכח עם קוביקה ובעט בו לעיני השופט שהרחיק את עובד.
צמרת הטבלה לאחר 3 מחזורים:
1. מכבי חיפה - 7 נק'
2. בני יהודה - 7 נק'
3. מכבי ת"א - 7 נק'
4. הפועל ב"ש - 6 נק'
לאחר מכן הקבוצה נקלעה לרצף של שלושה משחקים ללא נצחון עם הפסד במחזור ה-4 1-0 למ.ס. אשדוד בבית ו-2 תוצאות תיקו 2-2 במחזור ה-5 נגד מכבי פ"ת (למכבי: קוביקה ודגו) ו2-2 במחזור ה-6 נגד העולה החדשה בני סכנין (למכבי: דגו וטל בן חיים (הבלם) בפנדל). בשני המשחקים האחרונים חזרו הצהובים מפיגור.
צמרת הטבלה לאחר 6 מחזורים:
1. מכבי חיפה - 13 נק'
2. בני יהודה - 13 נק'
3. מ.ס. אשדוד - 10 נק'
4. מכבי ת"א - 9 נק'
5. הפועל ב"ש - 9 נק'
מחזור 7 - נצחון גדול בקריית אליעזר במשחק העונה 1-0 מול המוליכה מכבי חיפה משער של קוביקה בנגיחה בדקה ה-36. הצהובים רושמים נצחון ליגה שלישי רצוף על הירוקים.
מחזור 8 - מכבי ת"א אירחה את בית"ר ירושלים בבלומפילד כשאבי נמני ביציע בא לראות את המפגש בין קבוצתו לשעבר לקבוצתו העתידית. הפתיחה הייתה של האורחים שעלו ליתרון 1-0 משער של שלומי ארבייטמן בדקה ה-31 אך הצהובים הגיבו כעבור 3 דקות עם שער שוויון נפלא של תמיר כהן שבעט מ-20 מטר שטוח לפינה - 1-1. 4 דקות מפתיחת המחצית בישל קוביקה לדגו את שערו ה-3 העונה - 1-2 לצהובים. במהשך המחצית ניסה דגו להחזיר עם 2 מסירות שהעמידו פעם אחת את אלדו אדורנו ופעם שנייה את קוביקה מול השער אך החלוצים החטיאו. בדקה ה-74 נפסק פנדל לזכות מכבי אך טל בן חיים (הבלם) בעט לקורה והחטיא. בכך נגמר רצף של 21 פנדלים רצופים שהבקיעה הקבוצה במשחקי הליגה. בעקבות הנצחון עלו הצהובים למקום השני בטבלה כשהם עוקפים את הירוקים מחיפה.
מחזור 9 - נצחון גדול 2-0 בדרבי מול הפועל כאשר כבר אחרי 4 דקות אלי ביטון וברונו רייס קובעים את תוצאת המשחק. לראשונה מזה 8 שנים, מכבי משיגה נצחון בדרבי המתקיים בבלומפילד. בעקבות הנצחון עלתה הקבוצה למקום הראשון:
צמרת הטבלה לאחר 9 מחזורים:
1. מכבי תל אביב - 18 נק'
2. בני יהודה - 16 נק'
3. מכבי חיפה - 15 נק'
4. מ.ס. אשדוד - 14 נק'
5. בני סכנין - 12 נק'
6. הפועל תל אביב - 12 נק'
למשחק הביתי מול הפועל ב"ש במחזור ה-10 הגיעה מכבי ת"א כמוליכת הטבלה אך נכנעה 3-1 לדרומיים כשבתווך דגו משווה לזכות הצהובים בבעיטה לחיבורים. בעקבות ההפסד, הקבוצה יורדת למקום השני.
כעבור שבוע, הפסד נוסף במסגרת המחזור ה-11, הפעם להפועל פ"ת, 0-1.
בסה"כ בסיבוב הראשון צברה הקבוצה מאזן טוב של 5 נצחונות, 3 תיקו ו-3 הפסדים ודורגה במקום ה-3, במרחק של 3 נקודות ממכבי חיפה שבפסגה.
בפתיחת הסיבוב השני המשיכה הקבוצה לסבול מחוסר יציבות כאשר לצד 3 נצחונות באו גם 2 הפסדים ותיקו ב-6 המחזורים הראשונים של הסיבוב:
מחזור 12 - ניצחון דחוק 1-0 על מכבי אחי נצרת בחוץ משער של אלדו אדורנו 5 דקות לסיום.
מחזור 13 - הפסד לבני יהודה 2-0 בבית.
מחזור 14 - נצחון דחוק בנתניה 1-0 משער של אלי ביטון בתסופת הזמן של המחצית הראשונה. אבי סטרול הורחק במחצית השניה.
מחזור 15 - נצחון חוץ שני רצוף הפעם באשדוד 2-0 משערים של ברונו רייס בנגיחה וארז מסיקה מקרוב.
מחזור 16 - הפסד ביתי 2-0 למכבי פ"ת.
מחזור 17 - תיקו מול בני סכנין, 1-1. מכבי ניצלת מהפסד בזכות שער שוויון של קוביקה והצלות גדולות של שטראובר.
למרות מחאת האוהדים, כל עוד הקבוצה הצליחה, רוב הקהל תמך בקבוצה. כאשר החל הדשדוש, מחאת האוהדים על סילוקו של נמני החלה לרקום עור וגידים. למרות הכל, המצב בצמרת היה צמוד:
1. מכבי חיפה - 31 נק'
2. הפועל באר שבע - 31 נק'
3. בני יהודה - 28 נק'
4. מכבי תל אביב - 28 נק'
5. הפועל תל אביב - 26 נק'
6. מכבי פתח תקווה - 26 נק'
7. בני סכנין - 24 נק'
8. הפועל פתח תקווה - 24 נק'
במחזור ה-18 אירחה הקבוצה את מכבי חיפה למשחק צמרת חשוב. המשחק הסתיים בתבוסה 3-0 והתרחקות הצהובים 6 נקודות מהפסגה.
שבוע לאחר מכן, במסגרת המחזור ה-19, אירחה בית"ר ירושלים שאליה עבר אבי נמני, למשחק מיוחד את הקבוצה היחידה בה שיחק בישראל עד אותה עת, מכבי ת"א. רוב אוהדי מכבי ת"א שהגיעו למשחק לבושים שחורים, פצחו בשירה לאלילם בדקה ה-8 (כמספר שעל גבו של נמני במכבי) ולא עודדו את קבוצתם תוך כדי שהם מדליקים אבוקות עשן. המשחק הסתיים בנצחון ירושלמי 0-1 משער של ברק יצחקי בדקה ה-17 בחסות העשן.
הצהובים התאוששו דווקא בדרבי מול הפועל ת"א, שנערך שבוע לאחר מכן במסגרת המחזור ה-20, כשניצחו 0-3 באצטדיון רמת גן משער מדהים של ברונו רייס בהגבהה אלכסונית לחיבורים מחוץ לרחבה ושני שערים עצמיים.
במחזור הבא, המחזור ה-21, סיימה מכבי בתיקו מאופס 0-0 בבאר שבע.
במשחק האחרון של הסיבוב השני, במחזור ה-22, ניצחה מכבי ת"א את הפועל פ"ת 0-3 משערים של תמיר כהן בבעיטה מרחוק, ברונו רייס ואלדו אדורנו.
מאזן הקבוצה בתום הסיבוב השני היה בינוני: 5 נצחונות, 2 תיקו ו-4 הפסדים והיא דורגה במקום הרביעי עם 35 נקודות, 6 נקודות פחות מהמוליכה מכבי חיפה. בין 2 היריבות הותיקות, התמקמו הפועל ב"ש והפועל ת"א במקומות 2-3:
1. מכבי חיפה - 41 נק'
2. הפועל באר שבע - 38 נק'
3. הפועל תל אביב - 35 נק'
4. מכבי תל אביב - 35 נק'
5. הפועל פתח תקווה - 34 נק'
הסיבוב השלישי נפתח בשני קרבות צמרת אדירים שבהם יצאה מכבי ת"א כשידה על העליונה:
במחזור ה-23 ניצחו הצהובים 0-1 את האדומים מב"ש משער של פרוחננקובס ששב מפציעה בדקה ה-43. 15 דקות קודם לכן החטיא טל בן חיים (הבלם) פנדל שנשרק לזכות הצהובים לאחר הכשלה על רייס ברחבה.
צמרת הטבלה:
1. מכבי חיפה - 44 נק'
2. הפועל תל אביב - 38 נק'
3. הפועל באר שבע - 38 נק'
4. מכבי תל אביב - 38 נק'
5. הפועל פתח תקווה - 34 נק'
שבוע לאחר מכן, במסגרת המחזור ה-24, השלימה מכבי ת"א סוויפ עונתי צהוב עם נצחון עונתי שלישי בדרבי על הפועל ת"א 1-0 משער של ארז מסיקה והשלימה רצף של חמישה משחקי דרבי ללא הפסד. מאז עונת 1992/93 לא השיגה הקבוצה סוויפ עונתי של 3 נצחונות בדרבי. הנצחון הוציא מעשית את האדומים מהמירוץ והותיר רק את הצהובים להתמודד מול הירוקים על האליפות:
1. מכבי חיפה - 47 נק'
2. מכבי תל אביב - 41 נק'
3. הפועל באר שבע - 39 נק'
4. הפועל תל אביב - 38 נק'
5. הפועל פתח תקווה - 35 נק'
6. בני יהודה - 35 נק'
אך דווקא אז נעצרה הקבוצה והצליחה להשיג רק נצחון בודד אחד ב-5 המשחקים הבאים:
מחזור 25 - תיקו מאכזב 1-1 מול מכבי אח"י נצרת. קוביקה העלה את הצהובים ליתרון 0-1 בדקה ה-57 אך האורחים השוו כעבור 21 דקות ל-1-1. הפער מחיפה גדל ל-8 נקודות.
מחזור 26 - נצחון גדול 0-3 מול הפועל פ"ת משערים של אלדו אדורנו, פרוחננקובס ואלי ביטון.
מחזור 27 - הפסד לכתומים של בני יהודה 0-1. בעקבות ההפסד הפער מחיפה גדל ל-11 נקודות.
מחזור 28 - תיקו מאופס 0-0 עם מכבי פ"ת. למזלם של הצהובים, גם הירוקים מסיימים בתיקו מול מ.ס. אשדוד.
מחזור 29 - תיקו מאופס שני ברציפות הפעם 0-0 עם בני סכנין. הצהובים לא מנצלים באופן מלא את ההפסד המפתיע של הירוקים בנתניה ומצמצמים את הפער ל-10 נקודות:
1. מכבי חיפה - 57 נק'
2. מכבי תל אביב - 47 נק'
3. הפועל באר שבע - 46 נק'
4. מכבי פתח תקווה - 44 נק'
5. הפועל תל אביב - 43 נק'
6. בני יהודה - 41 נק'
לקראת תום העונה נלחמה מכבי ת"א עם מכבי פ"ת והפועל ב"ש על המקום השני והסגנות שכן, לראשונה בתולדות הכדורגל הישראלי, עקב הישגי הקבוצות באירופה בעונות הקודמות, הוקצו למדינה 2 נציגות במוקדמות ליגת האלופות לעונת 2004/05.
מחזור 30 - נצחון בבלומפילד 0-1 מול אבי נמני ובית"ר ירושלים משער של אנדראס פרוחננקובס בנגיחה לקורה ופנימה.
מחזור 31 - תיקו 1-1 באשדוד עם שער שוויון של לירן כהן בדקה ה-63. בעקבות התיקו, הירוקים מבטיחים את האליפות (פער של 12 נקודות מהצהובים) עם נצחון על הפועל ב"ש ומכבי פ"ת התקרבה עד נקודה מהמקום השני:
1. מכבי חיפה - 63 נק'
2. מכבי תל אביב - 51 נק'
3. מכבי פתח תקווה - 50 נק'
4. הפועל באר שבע - 49 נק'
5. הפועל תל אביב - 46 נק'
6. בני יהודה - 42 נק'
מחזור 32 - נצחון ביתי על מכבי נתניה 0-2 משערים של אנדראס פרוחננקובס בבעיטה מ-17 מטר ולירן כהן.
צמרת הטבלה מחזור אחד לפני הסיום:
1. מכבי חיפה - 63 נק'
2. מכבי תל אביב - 54 נק'
3. מכבי פתח תקווה - 53 נק'
4. הפועל באר שבע - 52 נק'
שער של לירן כהן (3 ברצף ב-3 המחזורים האחרונים) בקריית אליעזר במחזור הסיום, המחזור ה-33, מול האלופה החדשה מחיפה, קבע 1-0 והבטיח לצהובים את הסגנות והמקום הנכסף באירופה.
בסה"כ צברה הקבוצה בסיבוב השלישי מאזן טוב של 6 נצחונות, 4 תיקו והפסד בודד וסיימה את העונה במקום ה-2 במרחק של 6 נקודות ממכבי חיפה שבפסגה:
1. מכבי חיפה - 63 נק'
2. מכבי תל אביב - 57 נק'
3. מכבי פתח תקווה - 56 נק'
4. הפועל באר שבע - 55 נק'
מלך השערים של הקבוצה בעונה זו היה ברונו רייס עם 5 שערי ליגה.
במשחקי גביע המדינה:
בסיבוב ח' - ניצחון על מכבי השקמה רמת חן 1-2 משערים של אנדראס פרוחננקובס ואלדו אדורנו.
בשמינית הגמר - הצגה נגד עירוני קריית שמונה עם 4-0 משערים של אבי סטרול בנגיחה שגם הורחק בהמשך, תמיר כהן בבעיטה מ-20 מטר לחיבורים וצמד של אנדז'יי קוביקה.
בשלב רבע הגמר הודחה הקבוצה על ידי העולה החדשה מסכנין (שגם זכתה במפעל) 3-4 בפנדלים לאחר תיקו 1-1 (למכבי: ג'ון פנטסיל בדקה ה-90) בתום 120 דקות כולל הארכה.
