בתחילת העונה שיחקה הקבוצה במוקדמות גביע אופ"א. המשחק הראשון של הקבוצה זכה לכינוי "חרפת קולומה" - בו הפסידה הקבוצה 0-1 בחוץ לסנטה קולומה מאנדורה. היה זה הניצחון הראשון אי פעם של קבוצה אנדורית כלשהי בגביעי אירופה והשער שנכבש היה בסך הכל שער רביעי של קבוצות אנדוריות בגביעי אירופה. בגומלין הביסו הצהובים את האנדורים 0-4 משערים של יאניק קאמנן (2) ארז מסיקה ויוסי שבחון. בסיבוב הבא פגשה הקבוצה בארצ'יאספור הטורקית והודחה לאחר 1-1 (למכבי: יאניק קאמנן) ו-1-3 (למכבי: רודי חדד) בשני המשחקים.
עונה זו נחשבת לאחת הקשות, הסוערות ומלאת שינויים בכל שדרות הקבוצה: הנהלה, מאמן ושחקנים. לקראת העונה הובאו הזרים דראגוסלב יבריץ' ויאניק קאמנן, המתאזרחים רודי חדד וג'ונתן אסוס והישראלי דן רומן ויניב עזרן. מהנוער הועלו דור מלול וניסו קפילוטו. בינואר הגיעו אלן מסודי וג'ו ביזרה. אבי נמני מונה לג'נרל מנג'ר במקביל להיותו שחקן.
לאחר תיקו 1-1 עם אשדוד במחזור הראשון (שער של אבי נמני - האחרון בקריירה שלו, ה-174 במדי מכבי ת"א וה-194 שלו בכלל) והפסד 1-2 למכבי פ"ת פוטר המאמן אלי כהן בצעד חסר תקדים על ידי הג'נרל מנג'ר- שחקן נמני בשיחת טלפון.
ניר לוין שב לקדנציה שניה בקבוצה כמאמן אך במקום להרגיע את המערכת חילופי המאמנים רק הכניסו את הקבוצה לסחרור והיא צברה את הפסדה ה-6 ברציפות במחזור ה-7 מול האלופה היוצאת והנכנסת בית"ר ירושלים 0-2. רצף ההפסדים חסר התקדים נעצר במחזור ה-8 בניצחון 1-3 על בני יהודה משערים של שבחון וקאמנן (2).
בסיבוב הראשון צברה הקבוצה מאזן גרוע של 2 נצחונות, 1 תיקו ו-8 הפסדים.
היכולת הגרועה גרמה לחידוש מחאת האוהדים כנגד הבעלים לוני הרצקוביץ' שנכנע והעביר בינואר לאחר 11 שנים את הבעלות על הקבוצה לאיש העסקים אלכס שניידר.
בסיבוב השני נרשמה התאוששות מסוימת ביכולת הקבוצה והיא השיגה מאזן של 4 נצחונות, 4 תיקו ו-3 הפסדים. הניצחון המרשים ביותר הושג שוב מול בני יהודה 4-0 משערים של ג'ו ביזרה, אלן מסודי ויאניק קאמנן (2).
פתיחת הסיבוב השלישי זימנה לצהובים דרבי תחתית עם הפועל ת"א שהחזיקו ברצף נצחונות אדום של 3 דרבים בליגה. המשחק הקריטי הוכרע בדקה ה-89 על ידי שבחון שקבע מהפך צהוב 1-2 לאחר שקמאנן השווה ל-1-1 בתום המחצית הראשונה.
במחזור ה-31 אירחה מכבי ת"א את מכבי פ"ת לקרב תחתית. היתה זו הופעתו האחרונה של הקפטן אבי נמני כשחקן מכבי ת"א ומשחק הפרישה שלו. עד לדקה ה-87 התוצאה עמדה על 1-1 לאחר שער של ליאור ג'אן
ושוויון של המלאבסים עוד במחצית הראשונה. המאמן לוין ביקש להכניס את נמני כמה דקות קודם לכן אך האחרון סירב בטענה כי הוא לא מוכן לעלות לפני שהקבוצה תבטיח את נצחונה ובכך את הישארותה בליגה. בדקה ה-88 כבש קמאנן את השער המיוחל שקבע 1-2 לצהובים והקפטן עלה לסיבוב פרידה של 2 דקות בתוספת הזמן.
בסה"כ השיגה הקבוצה מאזן של 5 נצחונות, 3 תיקו ו-3 הפסדים בסיבוב השלישי וסיימה במקום ה-6 עם 41 נקודות בלבד כמו יריבתה העירונית כששתיהן רחוקות רק 4 נקודות מהקו האדום. מלך השערים של הקבוצה היו יאניק קאמנן ויוסי שבחון עם 12 ו-9 שערי ליגה בהתאמה.
בגביע המדינה הודחה הקבוצה בצורה סנסציונית כבר בסיבוב ח' על ידי בית"ר שמשון ת"א מהליגה השלישית אחרי 0-1 בדקה ה-120 עם סיום ההארכה.