בעונה זו המשיכה הקבוצה להדרדר ביכולתה המקצועית ומחאת האוהדים נגד המאמן אברהם גרנט המשיכה במלוא עוזה.
היעדרו של כוכב הקבוצה אבי נמני במחצית השניה של העונה עקב מעברו לאתלטיקו מדריד אף הוא השפיע על יכולת הקבוצה.
לקראת העונה רכשה מכבי את קשר הפועל אלון אופיר ומגן חיפה משה גלאם ואת הזרים רודריגו גולדברג ואלק נילאש. גולדברג שלא עמד בציפיות נחתך אחרי חצי עונה ובמקומו הובא אלכסיי גרסימוב.
פתיחת העונה הייתה קטסטרופלית עם 7 משחקים ללא ניצחון שכללו 4 הפסדים:
מחזור 1 - הפסד ביתי להפועל כפר סבא 2-1 כשאבי נמני רק משווה זמנית בפנדל. נמני יכל להשוות שוב בפנדל נוסף אך לאחר שהבקיע פסק השופט בעיטה חוזרת שאותה החטיא כוכב הצהובים.
מחזור 2 - מכבי אירחה בר"ג את האלופה בית"ר ירושלים שאף היא פתחה את העונה ללא ניצחון (תיקו). הפתיחה הייתה מעולה מבחינת הצהובים שבמחצית כבר הוליכו 0-2 מצמד שערים של אלי דריקס.
בדקה ה-62 הירושלמים חזרו למשחק כשבעיטה של אלון חרזי פגעה בגיא נחמן והטעתה את אובארוב - 2-1 למכבי. 10 דקות עברו ופישונט השווה ל-2-2.
בדקה ה-82 הכשיל גיא צרפתי את אלון חרזי ברחבה ושאלוי הפך את התוצאה בפנדל ל-3-2. 2 דקות לסיום בעיטה של רודריגו גולדברג פגעה בטרטיאק והטעתה את קורנפיין.
בסיום 3-3 - שחזור לתוצאה מהמשחק הראשון בין הקבוצות בעונה הקודמת (1996/97).
מחזור 3 - הפסד חוץ להפועל חיפה 1-2 לאחר שמכבי כבר הוליכה 1-0 משער של אלי דריקס.
במחזורים 4 ו-5 סיימה הקבוצה פעמיים בתיקו: פעם אחת 1-1 מול עירוני ראשל"צ משער של אבי נמני ופעם שניה 1-1 מול הפועל באר שבע משער של ניר קלינגר. בשני המשחקים מכבי הובילה אך ספגה שער שוויון.
במחזור ה-6 אירחה מכבי ת"א את הפועל פתח תקווה הצמודה אליה בטבלה לקרב על 6 נקודות. כבר אחרי 8 דקות עלו הצהובים ליתרון מוקדם לאחר שער של אלי דריקס שכבש את שערו ה-100 במדים הצהובים. המלאבסים חזרו מהר והפכו את התוצאה תוך 25 דקות - 1-2. לקראת סיום הורחק אבי נמני.
הפסד שני ברציפות במחזור ה-7 להפועל אשקלון 0-1 הוריד את הקבוצה למקום האחרון עם מאזן עלוב של 3 נקודות.
ברוב התקופה אבי נמני ואלי דריקס היו היחידים ששמרו על יכולת טובה. שאר הקבוצה הדרדרה משבוע לשבוע ביכולתה, במיוחד אובארוב שלא הזכיר את היכולת מתחילת העשור.
הקבוצה התאוששה מעט עם ניצחון במחזור ה-8 1-2 על מכבי הרצליה מצמד של רודריגו גולדברג (הראשון בבעיטה מהאוויר לאחר בישול של דוד רביבו).
במחזור ה-9 דרבי תל אביבי גדול וסוער עם מורחק אחד לכל קבוצה (רודריגו גולדברג למכבי) והפסד בסיום 0-1.
במחזור ה-10 השיגו הצהובים ניצחון 0-2 על הפועל ירושלים משערים מהירים של אלי דריקס ודומאגוי קוסיץ כבר אחרי 6 דקות.
במחזור ה-11 הפסידו הצהובים לירוקים מחיפה 0-2. במחזור ה-12 סיימו בתיקו 1-1 בדרבי הקטן של ת"א מול הכתומים כשדריקס מציל את הצהובים מהפסד ארבע דקות לסיום לאחר שאלק נילאש החטיא פנדל בפתיחת המחצית השניה.
עד לסיום הסיבוב הראשון נמשכה חוסר היציבות עם נצחונות במחזורים ה-13 וה-15 1-0 על בית שאן משער של אלי דריקס ו2-1 על אשדוד מצמד של אלי דריקס ומנגד הפסד במחזור ה-14 1-0 למכבי פ"ת.
בסה"כ צברה הקבוצה בסיבוב הראשון מאזן גרוע מאוד של 4 נצחונות, 4 תיקו ו-7 הפסדים ודורגה בתחתית הטבלה במקום ה-11 עם 16 נקודות בלבד מרחק של 17 נקודות מהאלופה והמוליכה בית"ר ירושלים. יש לציין את אלי דריקס שבאחת העונות האחרונות של הקריירה, הציל את הצהובים פעם אחר פעם וכבש 9 שערים בסיבוב הראשון.
גם הסיבוב השני נפתח לא טוב מבחינת הצהובים עם 4 משחקים ללא ניצחון, מהם 3 תיקו ברציפות:
מחזור 16 - 1-1 בכפר סבא כשדריקס משווה וממשיך להציל את הצהובים.
מחזור 17 - 1-1 בטדי מול האלופה והמוליכה בית"ר ירושלים. דריקס העלה את מכבי ליתרון 1-0 בדקה ה-71 אך אלון חרזי השווה בתוספת הזמן. בתיקו זה סייעה מכבי דווקא ליריבתה העירונית לעלות לראשות הטבלה על חשבון הירושלמים.
מחזור 18 - 1-1 מול הפועל חיפה. דדי בן דיין העלה את מכבי ליתרון 0-1 בדקה ה-73 שלא הספיק לניצחון.
מחזור 19 - הפסד 1-0 לעירוני ראשל"צ.
במחזור ה-20 נתנה הקבוצה קצת נחת לאוהדיה כאשר הביסה את הפועל באר שבע 0-3 בר"ג מצמד שערים של משה גלאם ושער נוסף של אלון אופיר מבעיטה חופשית לחיבורים.
מחזור 21 - 1-1 עם הפועל פ"ת לאחר שאלי דריקס העלה את מכבי ליתרון 1-0 ולמרות יתרון מספרי הצהובים לא הצליחו לשמור על התוצאה.
מחזור 22 - ניצחון 0-2 ביתי במשחק התחתית מול אשקלון מצמד של אלון אופיר (הראשון בבעיטת יעף לחיבורים והשני בנגיחה). מכבי נחלצת מהתחתית עד למקום ה-9 בטבלה.
לאחר מכן באו 2 הפסדים רצופים:
מחזור 23 - הפסד להרצליה 1-2. למכבי: משה גלאם.
מחזור 24 - תבוסה בדרבי 3-0 להפועל ת"א. האדומים, שגם רצים לאליפות, משלימים ניצחון כפול במשחקי הדרבי של העונה ובכך מסתיימת סופית ההגמוניה הצהובה שהיייתה בעיר מתחילת שנות ה-90.
בשני המחזורים הבאים התאוששה הקבוצה מעט עם תיקו עם הפועל ירושלים 1-1 (למכבי: גיא צרפתי) וניצחון על מכבי חיפה 1-2 (למכבי: חיים חג'ג' ודדי בן דיין לחיפה: שחקן הצהובים לשעבר איציק זוהר).
במחזור ה-27 חזרו הצהובים לסורם עם הפסד לבני יהודה 0-2. ההפסד הוריד את הצהובים למקום ה-12 בטבלה, 3 נקודות מהקו האדום.
ב-3 המחזורים שנותרו השיגה הקבוצה רצף של 3 נצחונות ונשארה בליגה:
מחזור 28 - 1-4 על הפועל בית שאן מצמד של דריקס ושערים נוספים של אלון ברומר ואלק נילאש.
מחזור 29 - 2-0 על מכבי פ"ת משערים של גיא צרפתי ודדי בן דיין.
במחזור הסיום, המחזור ה-30, ניצחה הקבוצה את עירוני אשדוד 1-7 (למכבי: ניר קלינגר, אפי צפריר, חיים חג'ג', גיא צרפתי, בן לוז (2) ואלק נילאש).
היה זה משחקו האחרון וגם השער האחרון בקריירה של הקפטן ניר קלינגר כשחקן פעיל שנאלץ לפרוש בגיל 32 עקב פציעה.
בסה"כ השיגה הקבוצה בסיבוב השני מאזן בינוני של 6 נצחונות, 5 תיקו ו-4 הפסדים וסיימה שוב במקום ה-6 בטבלה במרחק של 30 נקודות מהאלופה בית"ר ירושלים.
מלך השערים של הקבוצה היה אלי דריקס עם 14 שערי ליגה - שבניגוד לחבריו נתן עונה טובה באחת מהעונות האחרונות בקריירה שלו במדי הצהובים ובכלל.
במשחקי גביע המדינה הודחה הקבוצה כבר בשמינית הגמר לאחר הפסד 4-3 לעירוני אשדוד (למכבי: אלי דריקס (2) ואלכסיי גרסימוב).
בגביע הטוטו העפילה מכבי ת"א לגמר אך נוצחה על ידי בית"ר ירושלים 1-3 בהארכה לאחר משחק שכלל הרחקה של קלינגר, החטאת פנדל של נמני ושוויון של דריקס בתוספת הזמן.
