בימיה הראשונה של האגודה, תחת שלטון האימפריה העות'מאנית, עוצבה זהותה היהודית והציונית של מכבי תל אביב, על-ידי מספר פעולות שנעשו במסגרת המועדון.
המועדון שם דגש על שימוש בשפה העברית (דבר אשר היה מהפכני באותם ימים אשר התחדשות השפה העברית הייתה בחיתוליה), עידוד עבודה עברית ומאבק עיקש במיסיון הנוצרי אשר פעל ביפו. ספורטאי מכבי בראשית דרכה, התארגנו לטובת פעילויות אלו במסגרת קבוצת מסדה (על שם מבצר מצדה העתיק, אשר שימש כמיתוס לחירות בכל מחיר של העם היהודי על-ידי התנועה הציונית), מעין זרוע מלחמתית במסגרת האגודה, ששמה לה מטרה להיאבק בתופעות אשר לפי תפיסתם היו שליליות, לעיתים אף בדרכים אלימות.
לאחר תקריות של אנשי מכבי עם יהודים חרדים שניסו למנוע מהאגודה לפעול בימי שבת, נפגשו חברי המועדון עם הרב הראשי של המושבות, הרב קוק, הקריאו בפניו את תקנון האגודה ומטרותיה ולבסוף קיבלו ממנו את ברכת דרכו, בתנאי שימנעו מחילול שבת המוני בפרהסיה. מאוחר יותר, חלקם מתלמידיו של הרב הצטרפו לשורות מכבי והיו בין ספורטאיה.
בנוסף לכך, האגודה היוותה גורם מחבר בין יהודים ממוצא אשכנזי ליהודי ממוצא ספרדי, אשר שיתפו פעולה במסגרת המועדון. דבר אשר היה מעט נדיר באותם ימים, נוכח הבדלי תרבות ושפה. למעשה, המועדון תרם לקירוב לבבות בין יהודים בני עדות שונות, ועד ימינו מצב זה נשמר כך.
בתום מלחמת העולם הראשונה, לאחר סיום תקופת השלטון העות'מאני על ארץ ישראל במשך מאות שנים, חזרו ליפו (ולשאר המושבות היהודיות) אלו אשר גורשו מבתיהם. מכבי תל אביב חידשה את פעילותה, השתתפה בתהלוכת ספרי תורה ששבו למשכנותיהם ובהמשך התגייסו לצא הבריטי במסגרת הגדודים העבריים (עוד על כך בפסקה הבאה).
השפה העברית
בעוד שאגודות ספורט יהודיות התקיימו בעולם בטרם הוקמה מכבי תל אביב, אשר להן מטרות דומות, מכבי תל אביב היא המועדון הראשון בעולם אשר שפתו הייתה עברית, ובמסגרת האגודה נשמעו לראשונה בהיסטוריה, הוראות התעמלות וספורט בשפה העברית. עובדה מהפכנית זו היוותה גורם משיכה למועדון, כאשר אורחים יהודים מרחבי העולם שצפו בתרגילי ההתעמלות בעברית התרשמו עמוקות מעצם השימוש בשפה ולעיתים אף הפכו להיות חלק מן המועדון.
ספורטאי המועדון פעלו לעידוד השימוש בשפה העברית על-ידי מתן שיעורי עברית לצעירים אשר לא היו בקיאים בשפה (ושיעורים נוספים במורשת ישראל ואף השכלה כללית).
כמו כן, אנשי האגודה נהגו לחלק עלונים ובהם תעמולה לשימוש בשפה העברית, תחת הסיסמה "יהודי דבר עברית".
עבודה עברית
כשנוכחו לגלות חברי קבוצת מסדה, כי בעל מאפיה ביפו נוהג להעסיק פועלים ערבים במלאכת אפיית המצות, ניסו להניאו מכך, אך ללא הצלחה. החברים הזהירו את האופה ובניו, אך האחרונים סירבו להיענות להפצרותיהם של המכבים. לפיכך, התנדבו חברי הקבוצה לקחת חלק באפיית המצות סמוך לחג הפסח, עת הביקוש למוצר, מטבע הדברים, היה הגבוה ביותר. החברים עשו זאת לאחר שפנו בידידות לפועלים הערבים ובקשו מהם לעבוד במקומם. בעל המאפיה התרשם מהמחווה ומאנשי מכבי ומאז הקפיד על העסקת פועלים יהודים בלבד.
המאבק במיסיון הנוצרי
תפקיד חשוב קיימה מכבי במאבק במיסיון הנוצרי, אשר ניסה להמיר את דתם של יהודים יפואיים צעירים ואף הצליח במקרים מעטים. מכבי יזמו אסיפה בה הזהירו מפני הסכנות הכרוכות בפעילות המיסיון, ובאסיפה השתתפו אישים רבי השפעה בקרב הישוב היהודי ביפו. דרישתם של אנשי מכבי הייתה מאבק במיסיון וחברי קבוצת מסדה פעלו בשטח לטובת המטרה. מדי שבת הקימו החברים משמרות אשר תפקידן היה למנוע מיהודים להיכנס למוסדות המיסיון, פעמים רבות ניסיונם של החברים הגיע לכדי תגרות אלימות עם אנשי המיסיון. מהרגע בו מכבי החלה להאיבק בתופעה הפסולה, ידם הייתה ברובם המכריע של המקרים על העליונה, והמועדון קיים את מטרתו ומנע מיהודים להשתתף בפעיליות אשר עלולות להוביל להתבוללות יהודים ביפו.
אגודת בני יעקב
נוסדה ע"י דוד תדהר, ופעילותה הייתה הפעלת קבוצת כדורגל המורכבת מיהודים ספרדים ואשכנזים כאחד. באותם ימים, התקיים פילוג וניכור בין בני העדות השונות ביפו, ובישוב כלל, והאגודה היוותה מופת לשיתוף פעולה בין יהודים בני עדות שונות. מאוחר יותר הצטרפה כאחד קבוצת הכדורגל של האגודה למכבי, והיהודים הספרדים והאשכנזים לקחו חלק במועדון באופן שווה. עד ימנו אנו, מורשתם של מייסדי וראשוני מכבי בדבר קירוב לבבות בין יהודים מתקיימת, והמועדון שואב אהדה והזדהות מאוהדים יהודים בכל הארץ ומכל המעמדות.
